第一个网站图标版本由微软在其1999年发布的Internet Explorer 5中引入。它是一个16x16像素的ICO格式图标，可以添加到网站的根目录，并自动在浏览器中显示。
然而，使用小图标代表网站的想法甚至可以追溯到1999年之前。在互联网早期，图形化浏览器尚未普及时，像Lynx这样的文本浏览器会在网站名称旁边显示一个小符号，以指示该网站是否安全。
后来，包括Firefox和Chrome在内的其他浏览器也采纳了网站图标的概念。与此同时，图标格式也发展到支持更大的尺寸和多种图像格式。如今，网站图标已成为我们所有人网络体验中不可或缺的一部分。作为定制设计的图标，它们被用来增强大大小小公司的品牌辨识度。